ศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษากลับคำพิพากษาศาลปกครองกลาง ให้กระทรวงคมนาคมปฏิบัติตามคำวินิจฉัยของอนุญาโตตุลาการเมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2551 ซึ่งหมายถึงการที่กระทรวงคมนาคม โดยการรถไฟแห่งประเทศไทย หรือ รฟท. ต้องจ่ายเงินคืนค่าก่อสร้างและอื่นๆ รวม 11,888 ล้านบาท พร้อมดอกเบี้ยร้อยละ 7.5 ต่อปี พร้อมคืนหนังสือค้ำประกันมูลค่า 500 ล้านบาท ที่ออกโดยธนาคารกรุงเทพ ซึ่งประกอบด้วยเงินที่บริษัทได้ชำระเป็นค่าตอบแทนจากการใช้ประโยชน์จากที่ดินของ รฟท. ถึงก่อนวันบอกเลิกสัญญาเป็นเงิน 2,850 ล้านบาท รวมถึงเงินค่าออกหนังสือค้ำประกัน 38 ล้านบาท และเงินค่าก่อสร้าง 9,000 ล้านบาท โดยดำเนินการให้แล้วเสร็จภายใน 180 วันนับคดีถึงที่สุดและดำเนินการให้เสร็จภายใน 180 วัน
โดยในคดีระหว่าง บริษัท โฮปเวลล์ (ประเทศไทย) จำกัด (ผู้ฟ้องคดี) กับกระทรวงคมนาคม ที่ 1 กับพวกรวม 2 คน (ผู้ถูกฟ้องคดี) คณะอนุญาโตตุลาการมีคำชี้ขาด ให้คืนเงินค่าตอบแทนและเงินอื่นให้แก่บริษัท โฮปเวลล์ จำกัด เนื่องจากกระทรวงคมนาคมบอกเลิกสัญญาสัมปทานระบบการขนส่งทางรถไฟและถนนยกระดับในกรุงเทพมหานครและการใช้ประโยชน์จากที่ดินของ รฟท. โดยมิชอบ ทางกระทรวงคมนาคมที่ 1 กับพวกรวม 2 คน จึงร้องว่า ข้อพิพาทนี้ไม่ได้อยู่ในขอบเขตของสัญญาอนุญาโตตุลาการ ทางสำนักระงับข้อพิพาท สำนักงานศาลยุติธรรม จึงส่งสำเนาคำชี้ขาดให้ผู้ร้องทราบตามหนังสือลงวันที่ 3 ตุลาคม 2551
อย่างไรก็ตาม ศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษาให้กระทรวงคมนาคมปฏิบัติตามคำวินิจฉัยของคณะอนุญาโตตุลาการ
...