หลังมีคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) มาตรา 44 สั่งย้ายนายสมเกียรติประจำวงษ์ พ้นจากตำแหน่งอธิบดีกรมชลประทาน และดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแห่งชาติ พลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ กล่าวว่า เป็นการทำหน้าที่คนละส่วนกับการดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมชลประทาน ซึ่งหน้าที่นี้จะทำตามกรอบนโยบายของนายกรัฐมนตรี ส่วนเรื่องตำแหน่งอาจจะสูงกว่าตำแหน่งเดิม ขณะนี้กำลังให้สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ (ก.พ.ร. ) พิจารณาให้มีอำนาจในการขับเคลื่อนในเชิงนโยบายได้ และจะนำเข้าพิจารณาในที่ประชุมคณะรัฐมนตรี (ครม.) อีกครั้ง