การเข้าค้นวัดพระธรรมกาย พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ(คสช.) กล่าวว่า “ขณะนี้เจ้าหน้าที่กำลังดำเนินการตามกฎหมายอยู่ คือถ้าอยู่ก็เจอ ไม่อยู่ก็ไม่เจอ ก็แค่นั้น” ส่วนที่ ลูกศิษย์ และพระสงฆ์ในวัดพระธรรมกาย ยังคงขัดขวางการทำงานของเจ้าหน้าที่ ไม่สนคำสั่งมาตรา 44 ที่ประกาศใช้ พล.อ.ประยุทธ์ กล่าวอย่างอารมณ์เสียว่า “ก็ต้องไปบอกพระเหล่านั้น กฎหมายตามคำสั่งมาตรา 44 สามารถใช้ได้ทุกที่ ไม่ใช่จะมายกเว้นพระสงฆ์ คำสั่งมาตรา 44 ประกาศใช้เพื่อให้เจ้าหน้าที่เข้าไปทำงานได้ เพราะไม่เช่นนั้นจะเกิดปัญหา หากเข้าไปโดยไม่มีอะไรคุ้มครอง เจ้าหน้าที่ก็จะเดือดร้อน แล้วเห็นภาพที่ออกมาหรือไม่ เจ้าหน้าที่ใช้ความรุนแรงอะไรบ้างหรือก็ไม่มี แล้วเห็นสมควรหรือไม่ที่พระสงฆ์ควรจะคาดหน้าคาดตาแบบนั้น ก็ต้องดูทั้ง 2 ฝ่าย รัฐบาลมีหน้าที่รักษาความสงบเรียบร้อยให้ทุกคนปฏิบัติตามกฎหมาย เจ้าหน้าที่ต้องได้รับการคุ้มครองในกรณีที่ทำโดยสุจริต แล้วถ้าไม่ทำความผิดเจ้าหน้าที่เขาจะเข้าไปทำอะไรให้เมื่อยทำไม ทุกคนส่วนใหญ่ก็เป็นชาวพุทธ นับถือศาสนาพุทธกันอยู่แล้ว ใครอยากจะไปทำร้าย ทำลายพระสงฆ์ ทำลายพุทธศาสนา”
สำหรับการประกาศใช้คำสั่งมาตรา 44 แสดงว่ามั่นใจว่าพระธัมมชโย ยังอยู่ในวัดพระธรรมกาย หรือไม่ พล.อ.ประยุทธ์ กล่าวว่า ถ้าอยู่ก็จับ ถ้าไม่อยู่มาตรา 44 จะไปจับได้อย่างไร มาตรา 44 จะไปหาได้จากบนอากาศหรือ ตรงนี้เขาให้อำนาจกับเจ้าหน้าที่ ถือเป็นอำนาจปกติเพียงแต่ให้สามารถเข้าไปในพื้นที่ให้ได้ และคุ้มครองเจ้าหน้าที่ก็แค่นั้น แต่การจับกุมดำเนินคดีก็เป็นเรื่องของกฎหมายปกติ ซึ่งเจ้าหน้าที่ตำรวจเขาต้องจับกุมอยู่แล้ว เจอผู้ร้ายจะไม่จับได้อย่างไร
นักข่าวยังย้ำถามนายกรัฐมนตรีว่า พระธัมมชโย ยังอยู่ในวัดใช่หรือไม่ พล.อ.ประยุทธ์ กล่าวว่า “ปัดโธ่ ไม่รู้ ผมไม่รู้ อยู่หรือไม่อยู่ก็ไม่รู้ พวกสื่อก็ไปช่วยผมดู ไปเฝ้าประตูให้ผมบ้าง และพวกคุณให้โอกาสเจ้าหน้าที่ไปทำอะไรได้บ้าง พอเจ้าหน้าที่เข้าไปก็หาว่าใช้กำลังมากเกินไป ก็เป็นปัญหามาโดยตลอด พวกคุณต้องช่วยเจ้าหน้าที่รัฐเขาด้วย พอถึงเวลาจับตัวไม่ได้ก็ด่ารัฐ ด่าเจ้าหน้าที่ของรัฐอีก พอไม่ทำก็เล่นงานเจ้าหน้าที่ สรุปว่า เจ้าหน้าที่ทำอะไรไม่ได้เลยหรือ ถามคำถามแบบนี้ผมไม่ตอบ ยั่วอารมณ์ผมเปล่าๆ อารมณ์เสีย โดยหลังตอบคำถามเสร็จ นายกฯได้เดินออกไปทันที