หลังกรมสอบสวนคดีพิเศษ(DSI) ออกหมายเรียกพระมหาบุญชัย จารุทัตโต ผู้อำนวยการฝ่ายการเงินและบัญชี ของวัดพระธรรมการ พลเอกไพบูลย์ คุ้มฉายา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม กล่าวว่าเป็นเรื่องของกระบวนการยุติธรรม ซึ่งหากมีการออกหมายเรียกให้มารายงานตัว แล้วไม่มาตามหมายเรียก โดยไม่มีเหตุผล2ครั้ง ก็จะมีการออกหมายจับต่อไป ซึ่งในการที่จะออกหมายจับได้ ก็ต้องอยู่ที่ดุลพินิจของศาลด้วย หากทางพระมหาบุญชัย ขอเลื่อนการเข้าพบ ก็ต้องอยู่ที่ดุลพินิจของพนักงานสอบสวนที่จะต้องดูถึงเหตุผลต่างๆ ส่วนทางออกคดีวัดพระธรรมกายนั้น พล.อ.ไพบูลย์เห็นทางออกมานานแล้ว แต่อยู่ที่ว่าจะทำเมื่อไหร่ รวมทั้งต้องมีการประสานงานกับผู้ปกครองทางคณะสงฆ์ด้วย เพราะการปฏิบัติต่างๆจะต้องไม่ทำให้มีปัญหาเพิ่มขึ้น
ส่วนจะมีการเข้าค้นวัดอีกครั้งหรือไม่นั้นก็ต้องรอพนักงานสอบสวนพิจารณา หากยังไม่สามารถจับตัวผู้ต้องหาได้ก็ยังไม่สามารถคืนเงินให้กับผู้เสียหายในคดีสหกรณ์เครดิตยูเนี่ยนคลองจั่นได้ เพราะคดียังไม่ยุติในชั้นศาล ซึ่งคดีดังกล่าวมีผู้ต้องหาหลายคน DSI ก็พยายามสืบสวนสอบสวนรวบรวมหลักฐานอยู่ ในส่วนของเวลานั้นทุกคดีก็มีอายุความ และเข้าใจว่าทุกฝ่ายต่างเร่งรัดเพื่อให้ทุกอย่างจบโดยเร็ว ส่วนในคดีดังกล่าจะจบลงในสมัยที่ตนยังเป็นรัฐมนตรีอยู่หรือไม่นั้น ไม่สามารถตอบได้ แต่ยืนยันจะพยายามทำให้คดีนี้จบในสมัยนี้ เพราะเรื่องค้างมาตั้งนานก่อนที่จะเข้ามารับตำแหน่งนานแล้ว
ส่วนกรณีนายสมศักดิ์ โตรักษา ฝ่ายกฏหมายของสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ หรือสมเด็จช่วง ออกมาระบุว่ากำลังรวบรวมหลักฐาน กรณีที่ DSI ทำให้เกิดผลกระทบต่อสมเด็จช่วงในคดีการครอบครองรถโบราณ พลเอกไพบูลย์ กล่าวว่า ทุกอย่างต้องเดินตามกระบวนการยุติธรรม หากคิดว่าไม่ได้รับความเป็นธรรมจากพนักงานสอบสวน ก็สามารถไปฟ้องร้องได้ เช่นเดียวกันทนายได้ทำตามหน้าที่ของตนเอง แต่อาจทำให้ประชาชนเกิดความสับสนบ้าง เพราะในบางประเด็นพนักงานสอบสวนไม่สามารถชี้แจงได้ เนื่องจากยังอยู่ในสำนวน