การดำเนินคดีตามหมายจับพระเทพญาณมหามุนี หรือพระธัมมชโยเจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย พลเอกไพบูลย์ คุ้มฉายา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม กล่าวถึง การพิจารณาขอหมายค้นวัดรอบ 2 ของกรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือ ดีเอสไอ ว่าเป็นเรื่องของคณะกรรมการสอบสวน ซึ่งในการขอหมายค้นไม่ได้ยึดเรื่องของกรอบเวลาเป็นหลัก แต่พิจารณาจากความพร้อมของเจ้าหน้าที่และข้อมูลหลักฐานที่ได้รับในการที่จะเข้าตรวจสอบภายในวัดครั้งต่อไป ส่วนเรื่องการฟ้องผู้ต้องหาอยู่ระหว่างการพิจารณาของอัยการสูงสุด(อสส.) ยังมีผู้ต้องหาอีก 2 คน ที่ยังไม่ได้ตัว ก็ต้องให้ผู้ที่เกี่ยวข้องดำเนินการตามขั้นตอน และต้องทำความเข้าใจว่าคดีสหกรณ์เครดิตยูเนี่ยนคลองจั่น มีเป็นจำนวนกว่า 13 คดี ซึ่งมีคดีที่เกี่ยวข้องและมีความเชื่อมโยงกับวัดพระธรรมกายและพระธัมมชโย 4 คดี พนักงานสอบสวน ก็ได้ดำเนินการในส่วนของคดีอื่นควบคู่กันไป ไม่ใช่มุ่งไปที่การดำเนินคดีกับวัดพระธรรมกายและพระธัมมชโยเพียงอย่างเดียว จึงไม่ต้องการให้มีการสับสนและสร้างความเข้าใจผิดว่า เจ้าหน้าที่เลือกปฏิบัติ
กรณีที่สมเด็จพระพุทธชินวงศ์ (สมศักดิ์ อุปสโม) เจ้าอาวาสวัดพิชยญาติการาม ในฐานะเจ้าคณะใหญ่หนกลาง รับเป็นคนกลางในการประสานงานเพื่อเจรจากับพระธัมมชโย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม กล่าวว่า เป็นแนวทางที่ถูกต้อง ควรมีผู้ปกครองทางสงฆ์ที่เข้ามาดูแลทางปกครองด้วย ส่วนการพบหลักฐานใหม่เป็นเช็คจำนวน 400 ล้านบาทที่สั่งจ่ายให้กับพระธัมมชโย ต้องรอผลการสอบสวนว่ามีความผิดหรือไม่ หากการสั่งจ่ายเช็คดังกล่าวมีความผิด แม้ว่าลูกศิษย์วัดจะมีการคืนเงินหรือไม่ก็ตาม ก็ไม่ถือว่าความผิดสิ้นสุด เพราะเป็นความผิดที่เกิดขึ้นโดยสำเร็จแล้ว สำหรับการที่วัดพระธรรมกายพาสื่อมวลชนเยี่ยมชมภายในอุโบสถเพื่อพิสูจน์ว่าภายในวัดไม่มีการซุกซ่อนอาวุธอยู่ ก็เป็นสิทธิ์ของวัดที่จะแสดงความบริสุทธิ์ใจ แต่ในเรื่องข้อเท็จจริงก็คงต้องให้สังคมพิจารณาตัดสินเพราะความจริงก็เป็นความจริง ไม่สามารถปิดบังสังคมได้ ส่วนการที่วัดพระธรรมกายมีสาขาเปิดที่จังหวัดนครราชสีมา ก็ต้องดำเนินการสอบสวน หากพิจารณาถึงเรื่องกิจกรรมทางสงฆ์ที่สามารถไปเปิดสาขาที่อื่นได้ก็เป็นเรื่องปกติที่ดำเนินการได้อยู่แล้ว