หลังกรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือ ดีเอสไอเข้ารายงานผลการปฏิบัติงานเข้าตรวจค้นวัดพระธรรมกาย ตามแผน กบิล 59 เมื่อวันที่ 16 มิ.ย. พลเอกไพบูลย์ คุ้มฉายา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม เปิดเผยว่า การจับกุมตัว พระธัมมชโยเป็นขั้นตอนของอัยการตามกระบวนการยุติธรรม ขณะเดียวกันต้องไม่ให้เกิดความรุนแรง และพยายามทำให้เป็นคดีทั่วไป ไม่ให้เกิดความรุนแรง ถ้าจะให้จับกุมแต่ต้องแลกกับบุคคลหลายคนคิดว่าไม่คุ้ม หากเกิดปัญหาใครจะเป็นผู้รับผิดชอบ โดยไม่อยากให้โยงเรื่องดังกล่าวให้เป็นเรื่องการเมือง ที่ลูกศิษย์อ้างกระบวนการประชาธิปไตย ส่วนปฏิบัติการเมื่อวานนี้ ตอนมองว่าไม่ได้ล้มเหลว เพราะเกิดความสูญเสีย สังคมพิจารณาถึงคนที่ไม่เข้าสู่กระบวนการยุติธรรมกฎหมายกับคนที่บังคับใช้กฎหมายกันว่าจะให้ความสำคัญกับสิ่งใดมากกว่า จากการประเมินยังไม่ถึงขั้นปิดล้อมและตัดน้ำตัดไฟ
ส่วนผู้ที่ออกมาขัดขวาง พนักงานสอบสวนได้เก็บบันทึกภาพไว้เป็นหลักฐานแล้ว โดยจะออกหมายเรียกผู้ที่ออกมาขัดขวาง ให้มาชี้แจงว่าจงใจขัดขวางการปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่จะดำเนินคดีฐานความผิดมาตรา 189 ซึ่งได้ตั้งข้อสังเกตว่าลูกศิษย์ที่นั่งสวดมนต์เหตุใดจงใจปิดหน้าปิดตาเพราะเป็นเจตนาที่ไม่บริสุทธิ์หรือไม่และตั้งใจจะมาปฏิบัติธรรมจริงหรือไม่ หากจะให้นำกำลังทหารออกไปปิดล้อม สามารถทำได้ แต่ถ้าเกิดความสูญเสียใครจะรับผิดชอบ ก็มีแต่รัฐบาลและเจ้าหน้าที่เท่านั้น