ปัญหาโครงการขุดลอกคลองขององค์การทหารผ่านศึก หรือ อพศ. โดยหลายฝ่ายตั้งข้อสงสัยเรื่องการทุจริตนั้น พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม กล่าวว่า เป็นเรื่องที่เกิดขึ้นตั้งแต่รัฐบาลที่แล้ว ซึ่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) ก็ได้รับทราบว่ามีเรื่องดังกล่าวเกิดขึ้น แต่ส่วนตัวไม่ทราบเรื่องเพราะยังไม่ได้เข้ามารับตำแหน่ง แม้ตอนที่เข้ามาแล้วก็ไม่รู้ เพราะผู้อำนวยการ อผศ. ก็ไม่ได้รายงาน โดยรัฐบาลที่แล้วมีความหวังที่ที่ต้องการให้อผศ. มีรายได้ในการดูแลทหารผ่านศึก ดังนั้น ต้องไปตรวจสอบว่ามีการ ทุจริตหรือไม่ แต่ยืนยันว่าทางสภาทหารผ่านศึกไม่รู้เรื่อง เป็นการดำเนินการของอผศ. โดยได้สั่งให้ตั้งคณะกรรมการสอบสวนแล้ว และได้ดำเนินการตรวจสอบแล้ว หากตรวจสอบแล้วพบว่าจุดไหนที่ขัดต่อระเบียบ และมติ อผศ.ต้องตอบคำถามให้ได้ ส่วนการเอาผิดกรณีทุจริตนั้นหากมีการทุจริตสามารถเอาผิดย้อนหลังได้หมดทั้งนั้น