คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) มีมติให้ดำเนินการแต่งตั้งคณะอนุกรรมการไต่สวนข้อเท็จจริงกรณีกล่าวหาว่า นพ.รัชตะ รัชตะนาวิน รมว.สาธารณสุข (สธ.) และนพ.สมศักดิ์ ชุณหรัศมิ์ รมช.สาธารณสุข จงใจแต่งตั้งคณะกรรมการสรรหาและคัดเลือกกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิในคณะกรรมการสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข ที่มีผลประโยชน์ทับซ้อน โดยพบว่ามีพฤติการณ์ในการกระทำความผิด กรณีที่ นพ.รัชตะ ในฐานะประธานกรรมการสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข ได้มีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการสรรหาและคัดเลือกกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ 7 คน แต่ปรากฏว่ามีผู้ที่ได้รับเลือก 3 คน คือ นพ.วิจารณ์ พานิช นพ.เชิดชัย นพมณีจำรัสเลิศ และนพ.วิโรจน์ ตั้งเจริญเสถียร ซึ่งเป็นบุคคลที่เคยได้รับทุนวิจัยต่อเนื่องมาโดยตลอด และไม่มีการกลั่นกรองว่ามีผลประโยชน์ทับซ้อนหรือไม่ ส่วนในขั้นตอนการสรรหากรรมการสถาบันวิจัยก็มีการออกคำสั่งปรับเปลี่ยนเพื่อให้กระบวนการสรรหาเป็นไปอย่างรวดเร็ว รวมทั้งเลื่อนประชุมคณะกรรมการสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุขชุดเดิมที่จะพิจารณาปัญหาความไม่โปร่งใส และเร่งประชุม คณะกรรมการสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุขชุดใหม่ ทั้งที่ทราบว่าเลขานุการในการประชุมไปราชการต่างประเทศ
คณะกรรมการ ป.ป.ช. จึงแต่งตั้งคณะอนุกรรมการไต่สวนข้อเท็จจริงโดยมีนายณรงค์ รัฐอมฤต กรรมการ ป.ป.ช.เป็นประธานคณะอนุกรรมการไต่สวน และส่งหนังสือแจ้งนพ.รัชตะ และนพ.สมศักดิ์แล้ว.